En la cirugía de baipás gástrico en Y de Roux, el cirujano crea una pequeña bolsa en la parte superior del estómago. La bolsa es la única parte del estómago que recibe los alimentos. Esto limita considerablemente la cantidad que se puede comer y beber a la vez, sin problemas.
La nueva bolsa también produce menos cantidad de las hormonas que regulan el apetito, como la grelina, lo cual puede disminuir el deseo de comer.
Luego, se corta el intestino delgado un poco por debajo de la parte principal del estómago y se lo conecta a la nueva bolsa. La comida pasa directamente desde la bolsa a esta sección del intestino,
pero la parte principal del estómago continúa produciendo los jugos digestivos. El segmento del intestino que aún está adherido a la parte principal del estómago se reconecta más abajo. Eso permite el paso de los jugos digestivos al intestino delgado.
Debido a que la comida ahora circunvala una parte del intestino delgado, hay menos absorción de nutrientes y calorías.